С 2017 по 2019 год проект был нацелен на развитие центров дополнительного образования в регионах — кружков.

Механизм функционирования проекта был следующий:
Для потенциальных участников проекта программа начиналась с предварительного отбора на одно из тематических направлений: физика-математика, математика-информатика, химия-биология. ФРФШ направлял в регион олимпиадную контрольную работу для выявления общего уровня подготовки школьников. Ученики региона, показавшего наилучшие результаты, становились участниками «Науки в регионы» и отправлялись в Московский физико-технический институт для прохождения выездной школы («смены»).

Программа тематической школы включала двухнедельное пребывание и обучение в МФТИ 15 старшеклассников и 2 учителей. В течение этого времени ребята жили в общежитиях института, посещали уроки в Физтех-лицее им П.Л. Капицы (Московская область, г. Долгопрудный), чтобы не отставать по школьной программе, и дополнительные занятия. По вечерам ученики слушали углубленные лекции по физике, математике, информатике и другим смежным дисциплинам от практикующих преподавателей МФТИ. Кроме того, кураторы программы «Наука в регионы» организовывали культурно-развлекательную программу: посещение музеев столицы, кинопросмотры, вечера настольных игр.

Сопровождающие школьников учителя совместно с методистами Физтеха составляли программу кружка по одной из дисциплин на год вперед. По условиям выездной школы «Наука в регионы» школьники и учителя оплачивали только транспортные расходы: проезд до места проведения школы и транспорт в Москве.

За время существования «школ» проекта Московский физико-технический институт посетили 26 групп из разных уголков России! Среди них Астраханская, Белгородская, Брянская, Волгоградская, Воронежская, Калининградская, Липецкая, Магаданская, Нижегородская, Омская, Пензенская, Тамбовская, Томская, Тульская области, Ханты-Мансийский автономный округ, Краснодарский край, Республика Башкортостан, Республика Крым, Чувашская Республика.

В 2018 году в рамках проекта «Наука в регионы» при поддержке Фонда президентских грантов также прошли дополнительные проектные смены по специализированным направлениям: ракетно-космическая смена и смена подготовки исследовательских проектов в различных дисциплинах.

На данный момент любая школа России может запустить у себя кружок «Наука в регионы», для этого необходимо подписать соглашение о сотрудничестве с Фондом развития Физтех-школ. Учителя в кружках получат все необходимые материалы для ведения занятий, а также будут регулярно получать тестирования, составленные преподавателями проекта, для отслеживания уровня учеников. Кроме того, учителя кружков получают доступ к системе постсопровождения классов: могут посещать вебинары с преподавателями МФТИ и задавать преподавателям вопросы по материалам в чатах поддержки.

С лета 2020 года запустился второй этап программы «Наука в регионы» — создание профильных классов в школах по всей России по профилям физико-математическому, химико-биологическому и математико-информатическому. Реализация программы включает в себя несколько процессов.

Курсы повышения квалификации для учителей по программе «Наука в регионы» проходят в дистанционном формате для учителей, которые будут вести занятия в профильных классах. На курсы повышения квалификации есть конкурсный отбор по портфолио учителей и небольшому тестированию по предмету.

Курсы читают преподаватели МФТИ и Физтех-Лицея по программам, утвержденным в МФТИ. Слушателям курса, успешно освоившим программы, выдаются удостоверения государственного образца о прохождении курсов повышения квалификации.

Методисты проекта – преподаватели МФТИ и Физтех-лицея. Методисты создают рабочие учебные программы для профильных классов и методические материалы, сопровождающие работу в классе.

Методические материалы покрывают весь материал с 8 по 10 класс профильной направленности, они включают в себя теоретический материал, практические задания и примеры решений.

Видеоматериал включает в себя разбор задач и демонстрацию опытов, а также разбор наиболее сложных теоретических моментов. Он предназначен для подготовки учащихся к урокам.

Материалы рассчитаны на освоение программы в углубленном формате, который предполагает определенное количество часов классной работы.

В рамках проекта организуется сопровождение профильного класса. Для учителей, прошедших КПК и запустивших в своей школе профильные классы, предусмотрена система менторства со стороны преподавателей проекта: будут проводиться регулярные вебинары для учителей, на которых преподаватели проекта будут отвечать на сложные вопросы и разбирать темы углубленного курса.

Ведется создание онлайн-платформы проекта, через которую будет вестись весь образовательный процесс классов Науки в регионы, на ней учащиеся будут делать домашние задания и решать тесты.

На платформе помимо тестирований учеников предусмотрен также функционал календаря вебинаров для учителей, а также возможность загружать отчеты об успехах класса.

Контроль классов со стороны Фонда будет осуществляться через отслеживание результатов учеников путем проведения регулярных тестирований учащихся классов (тестирования составлять и проверять будут преподаватели МФТИ), а также сбора отчетности по посещению учителем вебинаров и любой информации, касающейся учебного процесса в профильном классе.
Предусмотрены командировки в классы.

Сейчас в проекте участвуют более 50 регионов страны. В планах – расширить программу на всю страну, чтобы она стала доступна всем детям, интересующимся физикой, математикой, информатикой, химией и биологией.

«Региональным школам необходима сильная методическая база, а сейчас ее не хватает. Там используются устаревшие программы», — говорит директор Фонда развития Физтех-школ, выпускник МФТИ Андрей Богданов, —«Важно "зажечь" детей, показать им перспективы занятия научно-технической деятельностью, погрузить в атмосферу Физтеха. Мы ориентируемся не на гениев, а на обычных хорошистов и отличников. Наша основная цель — сделать в ближайшее время на базе Физтех-лицея и МФТИ один из основных центров российского школьного образования по естественным наукам — школьный кластер «ФИЗТЕХ XXI».